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一、高考两者是分开招生的，福建师范大学本部是一本、二本批次招生，而福建师范大学福清校区只有二本批次，你在高考报考时能分别看到两个大学：福建师范大学、福建师范大学福清分校。
二、院系专业设置有区别，福清分校只有设有经济与管理学院、文化传媒与法律学院、教育学院、外国语学院、体育学院、电子与信息工程学院、海洋与生化工程学院，而本部除了前面的学院，还有很多其他学院如文学院、数学与计算机科学学院、软件学院等。本部的专业比福清校区多很多。
福建师范大学福清分校创办于1977年，先后为福建省莆田地区师范学校大专班、莆田师范专科学校、福清师范专科学校等。1983年，福清师专改为福建师范大学二部，归师大统一领导和规划。
福建师范大学福清分校校园占地面积760多亩，但是在2019年，教育部正式批准在福建师范大学福清分校的基础上设置福建技术师范学院。新校区规划用地2119.74亩。
仓山校区仓山校区地处闹市边缘（福州市仓山区）占地约720亩，校园环境优美，景色迷人，古老的建筑和新兴的楼群相映成趣，宽敞的校道错落有致，道路两旁绿树成荫，学校的长安山公园是许多学生喜到之处。旗山校区旗山校区位于闽侯县上街大学城，占地约2804亩。福清校区福建师范大学福清分校位于福清市区，创办于1977年，从2002年开始招收本科生，是福建省唯一一所开办在县级市的公立本科院校。学校占地面积400多亩，学校最初为莆田地区师范学校大专班，后又数易校名，先后为莆田师范专科学校、福清师范专科学校、福建师大二部。1984年6月定名为福建师范大学福清分校，并一直沿用至今。南安校区福建师范大学闽南科技学院创办于2001年，由福建师范大学与菲律宾华侨联合举办的***学院，位于泉州南安市康美开发区，校园占地面积300亩，现有各类建筑面积10馀万平方米。
莆田学院略强一些！莆田学院有几个专业在本一线上招生，去年有三个专业硕士点获批，今年又开始招收研究生了。福建师范大学福清分校原先只是一个专科学校，前几年改名成福建技术师范学院，成为一个***的本科学院校，刚***没几年，排名还是比较低。
归省教育厅管，福建师范大学福清分校即将彻底***，更名为福建应用技术学院，和福建师范大学没有任何关系了，毕业证以后写的就是福建应用技术学院。
